主角工藤新一原本是一位颇具名声的高中生侦探，在目击黑衣组织的地下买卖后，预备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为“APTX4869”（アポトキシン4869）的不明药物后来虽然幸免于死，但身体就此增加为小学时期的容貌。之后他化名为江户川柯南，在好友阿笠博士的建议下，寄住在两小无猜毛利兰的父亲－蹩脚侦探毛利小五郎家中，继续秘密从事清查黑暗组织的任务，并私下探寻取得解药的管道，希望可以恢恢复来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发明的道具，协助毛利小五郎成为知名的大侦探。故事内容当中交叉许多爱情、友谊、立功、背叛、复仇等情节。
