工藤新一是全国著名的高中生侦察，在一次清查黑衣人建功团伙时不幸被团伙成员发明，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了时常辅佐他的阿笠博士，博士为他度身打造不少特务武器。为了避免建功团伙对他住手报复，新一决定隐姓埋名，阴郁清查他们，停整理能掉掉解药。一日，新一的女友毛利兰分开了阿笠博士的家寻觅男朋友的下落，被小兰撞见的新一情急之下假造了本人名叫江户川柯南，随后柯南客居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一位私人侦察，新一可以籍着和他一同四出办案一同清查黑夜人的下落。柯南在小学观念步美等小师长，他们一同构造了一个少年侦察对，向罪犯宣战！
