小智（松本梨喷鼻 配音）一行人继续着考验身手的旅途，他们分开了欧鲁德朗城，这里正在进举动了纪念百年前阻拦了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终仰仗着弱小的实力夺得了头筹，取得了名贵的宝物“勇者之杖”。 可是，让小智没有想到的是，传说中的神奇瑰宝路卡利欧居然从杖中献身，它的重现江湖揭开了一个潜躲了百年的奥秘。与此同时，奥秘莫测的神奇瑰宝梦乡献身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那边潜躲着一切成果的答案。
