或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口收缩到五千亿的时分，散落在宇宙各个角落的人类前往故土地球，却引发了伤亡沉重的归乡战争。为了维护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，商定不许任何人介入这里。可是曾经作为结合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。结合舰队长官伊索拉（森川智之 配音）指使自己的弟弟亚马混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此时期，哈洛克率领船员向地球挺近，而结合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挠他的步伐。悠远的故土，丧失已久的真相，令一切人为之震惊……本片依据松本零士的经典科幻漫画改编。
